佩皮二世還是小孩就登上王位，而他的媽媽Ankhenespepi一世則是攝政。長期以來佩皮一世一直被認為是佩皮二世的父親，而Merenre一世則是佩皮二世的異母哥哥。然而，Merenre一世大概在位7至11年，加上佩皮二世登基的年紀還輕，所以有可能Merenre一世才是佩皮二世的父親，而不是佩皮一世。
根據都靈王表，佩皮二世統治超過九十年，Manetho則紀錄為94年，這可能讓佩皮二世成為統治時間最長的古埃及法老。這麼長的時間的確令人懷疑，於是有些研究者認為是64的誤讀導致的結果。
登基初期的統治其實掌握在他母親和舅舅Djau手中。一個雪花石膏（alabaster）雕像呈現 Ankhenespepi一世將年輕但莊嚴的佩皮二世抱在大腿上（下圖左、中），讓人聯想到伊西斯與年少的何魯斯。另一個雕像則呈現佩皮二世為一個裸體的小孩（下圖右）。
佩皮二世長時間的統治標誌出中央政府的逐漸衰敗，先人嘗試鞏固王位的政策開始失效，而且在佩皮二世死後更加明顯。一般相信原因就是佩皮二世的長時間統治，因為年老的法老不再有辦法自己統治時，他的中央政府以及地方統治者的權力便會上升。另外一方面，佩皮二世的墓葬建築不論建造和裝飾都沒有他的先人來的好，這可能表示在他統治期間福祉普遍下降。這樣的情形可能造因於尼羅河的每年泛濫水位較以往低，導致農產收穫不足，農業，也就是埃及的經濟命脈開始衰退。
佩皮二世的外交政策也有些問題。在他統治的初期，一個俾格米人（pygmy，譯註：指成男平均身高低於150公分的種族）被象島（Elephantine）的統治者帶到埃及以娛樂年輕的法老，之後一些遠征的統帥就死在征討努比亞的途中。與比布魯斯（Byblos，譯註：黎巴嫩古城）的貿易關係還繼續，但許多與其他國家的商貿都中斷了。
佩皮二世將他的墓葬複合建築建在南薩卡拉，就在第四王朝Shepseskaf的紀念建築附近，與他的父親和兄長相距一公里。他其中三個妻子分別葬在他的金字塔旁的小金字塔裡。
擷取翻譯自：The Ancient Egypt Site
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同場加映
關於上文提到的俾格米人有段有趣的書信紀錄，是商隊的領袖哈爾胡夫（Harkhuf）多次前去努比亞（現在的蘇丹），有一次寫信給當時8、9歲的佩皮二世，信中描述一個他將要帶回埃及的會跳舞的矮人。佩皮二世的回信被刻在哈爾胡夫的墓室，信中可以明顯看出小法老的興奮。
佩皮二世給哈爾胡夫的回信（截錄）：
我有注意到你寄給國王信中的內容，為了讓我知道你已經安全的和軍隊從伊阿姆（Yam，確切地點尚無定論）回來，並帶來了許多精美禮品。禮物是亞姆（Yamu，今Kom el-Hisn）女神哈拖爾（Hathor）給上下埃及之王，永存的Neferkere（即佩皮二世）的。
你在那封信裡說，你已經從神靈之地帶來會跳舞的神聖矮人，就像神的司庫Baurded在法老Isesi（即第五王朝法老Djedkare）時從朋特（Punt）帶來的矮人。
你告訴我，說：「以前從未有一個像他一樣的矮人被任何其他造訪伊阿姆的人帶來。」
每一年你都做主上希望和讚賞你做的事，你日夜和商隊在一起，做主上希望、讚賞和命令的事。陛下會給你無上的光榮，讓你的兒子和子子孫孫可以引以為傲。當所有人聽到陛下為你所做的會說：「有什麼可以和顧問哈爾胡夫從伊阿姆下來時，陛下為他所做的相提並論嗎？因為他展現的機警，去完成他的主上希望、讚賞、命令他去做的事。」
立刻就北上回到宮廷吧！你必須把來自神靈之地的矮人活著帶來，健全而且安好，為了讓神之舞愉樂上下埃及之王，永存的Neferkere的心。
當他跟你上船，在船隻的邊緣指任可靠的人在他身邊，以免他落入水中；當他晚上睡覺時，任命值得信賴的人睡在他身邊，每晚檢查他十次。因為比起西奈和朋特的禮物，陛下更希望看到這個矮人。
如果你到達宮廷，而矮人活著與你同在，健康而且安好，陛下會依據我心想看到這個矮人的期望，給你比神的司庫Baurded在法老Isesi時更好的。
英譯 參考自：
http://discoveringegypt.com/ancient-egyptian-kings-queens/pepi-ii-and-the-dwarf/
http://www.reshafim.org.il/ad/egypt/texts/harkhuf.htm
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